はじめまして。以下について質問させていただきます。

社内規則で、交通費については、『実費支給』となってます。
電車定期は会社より６ヶ月定期代を前もって支給されるのですが、
定期券満期をむかえる前（6ヶ月定期の場合、5ヶ月以内使用）に、転勤・住居移転等の理由にて、
交通ルートが変更となった場合、旧通勤費の清算分を差し引いて新しいルートの交通費が支給されます。

しかし、旧交通費（定期代）の清算について、
該当する交通機関で清算した場合、使用期間に応じた清算額が算出される算定式があり、
６月定期券を３ヶ月使用した時、購入代金の半額が清算されることはありえません。

しかし、勤務先の会社では鉄道会社の清算式による清算は認めてもらえず、上記のような、使用期間分の単純割りで清算されます。
（要は、実際の鉄道会社より返却される清算額よりも、多く新しい交通費より清算額を引かれます。新しい通勤費は少なからず実費支給分の額に満たないです。）
これは、交通費実費支給の労働契約に違反する気がするのですが、、、、

また、社内規則には清算式等詳細は記載ありません。
『実費支給』としか決められておりません。

基本的な考え方として、通勤手当は必ず支払わなくてもよい手当です。

しかし、就業規則に通勤手当に関しての規定があれば、
その通勤手当は、労働基準法上の賃金となります。

ご質問の場合のように社内規則で「実費支給」となっているので
あれば、その通勤手当は労基法上の賃金となります。

ここで、問題となるのは「実費支給」をどのように支払うかですが、
一般的には、
1.毎日の通勤代を実費で支払う
2.１カ月～６カ月の定期代を支払う
などが考えられます。

さて、2.の定期代で支払った場合に、もし途中で退社した場合や
経路が変わった場合の清算に関してですが、

一般的には、
1.日割り計算する
2.就業規則や社内規則で定めた清算方法で計算する
などが考えられます。

ご質問の場合のように、交通機関での清算額で清算する場合が
妥当であると考えられますが、会社の慣例で「日割り計算」で
清算するというのであれば、雇用契約の実費支給には違反しない
可能性が高いです。

ただし、何も決まりがなく（慣例もなく）、「日割り計算」で清算するのは
雇用契約の実費支給に違反する可能性もあります。（会社と話し合って下さい）

どちらにしても、
会社は通勤手当の清算に関して、就業規則や社内規則で明確に定めるべきです。